合成水晶最大的特點是有子晶晶核。合成水晶若有晶核則較好判斷，因為晶核一般為無色的長板柱狀，與周圍合成晶界線清楚。

    近來市面上一些無色合成水晶，因晶核和合成晶都是無色，加之在晶核中有一些天然包體特征或在晶核與合成晶之間的一些氣泡，使一些未有經驗的人很容易誤認為是天然水晶。有些氣泡呈蝌蚪狀，頭多向壁尾向外排列。天然水晶中也常有沿一個面排列的群包體出現，但這個面常是單一的、有起伏變化的，并且組成該面的包體在寶石顯微鏡下會發現多為二相包裹體，而不只是氣泡。

    合成水晶尤其是彩色合成水晶的第二個特點是顏色均一。整串項鏈色較均一，尤其是黃色水晶系列及茶色、黑色的合成晶。而天然的黃色和茶色、黑色水晶色常不均一。天然水晶不僅色不均一，而且常常茶色調（除茶色水晶外），更有趣的是在晚上白熾燈下，茶黃色水晶不帶一點黃色，完全像茶色水晶，若和茶水晶混在一起竟不好辨認。

    合成水晶的第三個特點是凈潔無瑕。天然水晶中常有包裹體和綿，而合成水晶晶瑩剔透。個別合成水晶有氣泡或一些固體雜質。一些合成水晶內常有一些三角形長管狀氣孔，在這些氣孔中有綠色或紅色粉狀物。這種長管的特點是沿一個方向平行排列，斷面為三角形，內常有不均勻的綠色或紅色粉狀物沿壁分布，中間往往是空的。

    真正的天然發晶是含碧璽、陽起石、金紅石等礦物的晶體,這些礦物各有其晶形,如陽起石的“竹節狀”形態。它們被包在水晶中，無方向性隨意排列，粗細長短各異，并常伴有天然水晶所固有的包裹體和綿等。